数码宝贝交错战争故事讲述的是有一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，而成为了指挥官，与朋友们一起起来到了数码世界中，在那里认识了众多的数码同伴。然而他们将要担负起拯救数码世界的重任。为了防止企图称霸数码世界的巴古拉军而努力的收集著各个领域的水晶，令他们意想不到的是在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着…经过了第30话中的东京大决战後，数码世界已经落入了巴古拉军手中。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界。但是，数码世界已经相比之前的旅程过了几个月，数码世界亦变成了巴古拉军支配下的地狱世界。数码世界被巴古拉军分裂为七个国家（Land），并由七名可怕的巴古拉军将军所统治，而这七名巴古拉军将军就是本新篇章的主要敌人。此外，本篇章亦出现全新力量「超进化」。与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，工藤大器升上了中学二年级。不知从何时起陪伴在身边的好友明里和善二郎等人已经不在，取而代之的是天野音音的弟弟—天野悠。「Xros Heart」以篮球队的名义继续存在着，队伍中有一名尊敬著大器学长的成员—明石激。一天，明石激被卷入了街上所发生的异变之中，工藤大器、明石激和天野悠等人的冒险之旅即将展开新的篇章！

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